Заповедник был организован в мае 1931 г . в бассейне р. Малой Алматинки на площади около 13 000 га . Уже к 1935 г . территория заповедника составляла более 600 000 га . В феврале 1935 г . заповеднику был присвоен статус государственного, и за 5 последующих лет площадь его достигла почти 1 млн га. Заповедным был весь Заилийский Алатау, прилежащая полупустынная территория до р. Или и опустыненные горные массивы Турайгыр, Богуты и Сюгаты. Северный склон Заилийского Алатау покрывали великолепные хвойные и лиственные леса, а по левобережью Или тянулся огромный массив саксаульников. Флористический состав включал более 1500 видов. Множество птиц и зверей обитало в заповедных угодьях; только в Сюгатинской долине бродили тысячные ста да джейранов, занесенных ныне в Красную книгу Казахстана и большинства среднеазиатских республик. В послевоенные годы началось постепенное сокращение заповедных территорий. Сначала были изъяты лесные площади, затем сенокосные и другие угодья. В сентябре 1951 г . произошла окончательная ликвидация заповедника, разделившего печальную участь многих заповедников страны в те годы.
Вопрос о его восстановлении был поднят группой ученых и общественных деятелей Казахстана, и в январе 1960 г . он был восстановлен. Заповедник расположен в центральной части Заилийского Алатау на площади 73 325 га , в 25 км восточнее южной столицы Казахстана Алматы, в Талгарском районе Алматинской области.
С 1966 по 1983 г . в состав заповедника входило урочище Калканы (полупустынная зона) площадью 17 800 га с уникальным памятником природы "Поющий бархан". Урочище находится в 160 км от центральной усадьбы. В 1983 г . это урочище было передано Капчагайскому охотничьему хозяйству под куланарий, а ныне находится в ведение Национального природного парка Алтын-Эмель.
Основная часть заповедной территории примерно три четверти - расположена на северном склоне Заилийского Алатау. Западная граница этой части проходит по р. Левый Талгар, северная - по р. Правый Талгар, а восточная по гребню высокого отрога, разделяющего долины рек Иссык и Тургень. Протяженность этой части с запада на восток составляет по прямой более 32 км . Остальная территория располагается на южном склоне Заилийского Алатау. Южная граница заповедника проходит вблизи перевала Тогузак по р. Юго-Восточный Талгар и верхнему течению р. Чилик до отрога между речками Косбулак-2 и Тамчи. Граница заповедной территории окаймлена двухкилометровой охранной зоной.
Физико-географические особенности
Заповедник расположен на склонах центральной части Заилийского Алатау - высокого хребта на юго-востоке Казахстана. Вместе с соседними хребтами Кетмень, Кунгей-Алатау, Киргизским, Таласским и другими Заилийский Алатау относится к провинции Северный Тянь-Шань.
Северный Тянь-Шань расположен в подзоне северных пустынь зоны внутриматериковых пустынь умеренного пояса. Заилийский Алатау своим северным склоном непосредственно контактирует с узкой полосой (40- 60 км ) полынно-солянковых пустынь Илийской впадины, за которой начинаются обширные пространства грядовых и бугристых песков Южного Прибалхашья.
Структура высотной поясности Северного Тянь-Шаня весьма своеобразна. В заповеднике представлены все высотные пояса, кроме низкогорной степной зоны с поясом злаково-разнотравных степей.
Основные ландшафты заповедника типичны для Северного Тянь-Шаня: сильно расчлененные склоны с крутыми острыми гребнями и узкими глубокими ущельями, небольшие участки лиственных и еловых лесов, значительные площади субальпийских лугов с зарослями арчи и, наконец, огромные массивы лишенных растительности осыпей, морен и скал.
Но есть в облике заповедника и свое, неповторимое, уникальное. Склоны гор, увенчанные мощной грядой покрытых льдом и снегом вершин, резко контрастирующие с подгорными пустынями, неудержимо влекут к себе во все времена года. В пределах заповедника главный гребень Заилийского Алатау достигает своей наибольшей высоты и не опускается ниже 4200 м над ур. моря. Именно здесь находится большая часть вершин хребта, имеющих высоту более 4500 м . Особой суровой красотой выделяются пики-исполины: Богатырь ( 4626 м ), Копр (4631), Актау (4686), Металлург ( 4600 м ). Наиболее внушителен пик Талгар ( 5017 м ) -высшая точка всего хребта, хорошо различимая и с подгорной равнины за многие десятки километров. Вершины, "возглавляемые" пиком Талгар, образуют мощный Талгарский узел, занимающий всю срединную часть заповедника. Это один из центров современного оледенения Заилийского Алатау, здесь сосредоточены крупнейшие ледники Северного Тянь-Шаня: ледник Корженевского и Богатырь. Первый достигает в длину 11 км и имеет площадь 38 км2. Немного уступает ему второй: длина 9,1 км , площадь 30,3 км2. Почти столь же обширны ледники Шокальского, Григорьева, Кассина, Пальгова, Калесника и др.
Уникальный Талгарский горный узел широко известен среди альпинистов. Более 40 лет действовал здесь альплагерь союзного значения "Талгар". В 1979 г . он был разрушен селем.
Основной орографический рисунок северной части заповедника создают Талгарский массив и три отходящих от него отрога со скалистыми гребнями, фирновыми полями и ледниками. И массив, и отроги имеют типичный гляциально-нивальный рельеф.
Этот пояс сравнительно четко ограничен нижними частями ледников (3200- 3400 м ) и снеговой линией, лежащей в интервале 3700- 3900 м . Ниже ее - до верхней границы еловых лесов (2700- 2800 м ) - рельеф имеет высокогорный крутосклонный характер. Значительные участки гребней и склонов в результате интенсивных процессов разрушения и массового перемещения обломочных остатков представляют собой обнаженные скалистые утесы, а на склонах обычны кулуары и высокие конусы осыпей. Везде обломки скал различной величины и формы. Многочисленные воронкообразные углубления весной собирают значительные массы талой воды, которая затем бурными потоками устремляется вниз, захватывая огромное количество щебня и гравия. Русла таких временных водотоков заканчиваются мощными конусами выноса.
Остальная площадь северной части заповедника относится к среднегорьям и имеет крутосклонный, местами сильнорасчлененный рельеф. Особенно хорошо он выражен на участке Талгар. На склонах многочисленны выходы коренных горных пород в виде скалистых массивов и отдельных утесов. Обычны обширные площади каменистых осыпей.
Южная часть заповедника отличается преобладанием гляциально-нивальных форм рельефа, особенно в бассейнах рек Юго-Восточный Талгар и Южный Иссык. Именно здесь расположены ледники Богатырь и Корженевского. Далее к востоку склоны расчленяются короткими (5- 7 км ) поперечными долинами и скалистыми отрогами, отходящими от главного гребня.
В верховьях ущелья Иссык расположены два высокогорных моренных озера - Ак-Коль (Белое), лежащее на высоте 3140 м , и Муз-Коль (Ледяное) 3400 м . Ослепительно сверкают ледники - Жарсай, Пальгова, Григорьева и др.
Участок Талгар включает три ущелья - Левый, Правый и Средний Талгары. Наиболее протяженное из них - Левый Талгар (более 30 км ) - имеет, так же как и большинство других, направление с юга на север. На южном склоне Заилийского Алатау расположены заповедные ущелья Юго-Восточного Талгара, Южного Иссыка и ряд других менее крупных ущелий (Шубар, Косбулак, Тамчи).
Верховья всех ущелий заповедника начинаются в высокогорье - на высоте 3500- 3600 м . Здесь они довольно широки (300- 500 м ) и носят характер отрогов - выположенных корытообразных долин, пропаханных крупными ледниками. Здесь обычны различные морены, состоящие из нагромождений крупных обломочных глыб с острыми краями.
Значительная часть территории заповедника покрыта обломками скал, щебнем, песчано-глинистыми конгломератами, гравием. Горные реки, ручьи и временные потоки постоянно переносят их в нижние части склонов. Скалистые массивы, гребни и утесы сложены главным образом гранитами, гранодиоритами и сиенитами.
Для заповедника характерно широкое развитие современного оледенения. Только в бассейне р. Иссык находится 49 ледников (площадью 53 км2). Всего в заповеднике 160 ледников (с общей площадью 233,7 км2) из 466, известных в Заилийском Алатау.
Речная сеть хорошо развита. По дну большинства ущелий протекают довольно бурные реки шириной 5- 7 м , глубиной до 1 м ; много ключей. В северной части территории наиболее крупные (от 16 до 28 км длиной) реки - Иссык, Левый Талгар, Правый Талгар и Средний Талгар. В южной части заметно выделяются Юго-Восточный Талгар ( 13 км ), берущий начало с ледника Богатырь, и впадающий в него Южный Иссык ( 10 км ), стекающий с ледника Корженевского. Обе реки очень полноводны, особенно в теплый период года. Юго-Восточный Талгар и Жангырык, сливаясь, дают начало р. Чилик - крупнейшей в Северном Тянь-Шане. Чилик 10- 12 км протекает по границе заповедника.
Питание рек осуществляется главным образом за счет сезонного таяния снегов, фирновых полей и ледников. Паводковый период начинается в апреле и длится всю весну и лето. В отдельные жаркие дни, а также после ливневых дождей реки превращаются в ревущие бешеные потоки, разрушающие берега и несущие крупные камни, гравий и песок. Зимой реки маловодны, не замерзают, но на изгибах и поворотах образуют мощные наледи, а в узких местах арочные карнизы из льда и снега между берегами.
В заповеднике почти три десятка небольших (от 0,1 до 3,8 га ) высокогорных моренных и ледниковых озер. Все они лежат в руслах временных водотоков и питаются главным образом талыми водами. Эти озера, как правило, очень глубоки и накапливают значительные объемы воды
Климат
Климат заповедника резко континентальный, типичный для Северного Тянь-Шаня. Основные черты его значительная солнечная радиация и сложный сезонный характер атмосферной циркуляции. Климат среднегорной зоны в целом умеренно континентальный. Среднегодовая температура воздуха колеблется от 6,8 ° в нижней части до 0,8 ° у верхней границы. Минимальные среднемесячные температуры отмечаются в январе (от -4,3 ° в нижней части до -9,7 ° в верхней), максимальные - в июле (от 18,1 ° до 10,6 °). Продолжительность безморозного периода составляет 145 дней внизу (с суммой среднесуточных температур выше 10 ° в 2245 °) и 90 дней вверху (585 °). Осадков за год выпадает в среднем от 830 до 870 мм , в том числе за теплый период - 570- 640 мм . Коэффициент увлажнения меняется снизу вверх от 1,15 до 1,95. Снежный покров держится 160-190 дней и достигает 60- 80 см . Для весны типично быстрое нарастание среднесуточных температур воздуха и значительное количество осадков. В начале лета (июнь) обычно стоит прохладная погода солнца много, но не жарко, осадков умеренное количество. В июле августе осадков выпадает мало - наступает (даже на высотах свыше 2500 м ) период засухи. В конце сентября становится заметно приближение осени. Резко понижаются среднесуточные температуры воздуха. Осенью преобладает ясная погода. В конце октября или начале ноября в нижней части зоны выпадает первый снег, а на высотах более 2500 м устанавливается зимняя погода.
Климат высокогорий резко континентальный, холодный. Здесь даже летом в ночное время часты заморозки. Лето короткое, с неустойчивой, переменной погодой. Среднесуточная температура июля 5-8°, а максимальная дневная 18-20°. На летний период приходится максимум осадков: 60% годового количества. Выпадающие дожди часто переходят в снежную крупу или мелкий град. Вегетационный период короткий: не более 53 дней. Зима устанавливается уже в начале октября. Средняя температура воздуха в январе от -10,2 до -13,9°, а минимальная - до -34°. На бесснежных склонах почва промерзает на значительную глубину. Высота снежного покрова в среднем достигает 65- 90 см . Снег сходит в конце апреля - начале мая. Среднегодовая температура воздуха от -2,4 до -4°. Среднегодовое количество осадков около 6770 мм , в том числе в теплый период - 450 мм . На высотах более 3200 м широко распространена многолетняя мерзлота.
В гляциально-нивальной зоне климат наиболее суровый, близкий к арктическому. Средняя годовая температура воздуха в нижней части зоны ( 3600 м ) составляет -8°, а на высотах более 4000 м - до -12° и ниже. Здесь нет привычного разделения года на четыре сезона. Даже в июне среднемесячная температура воздуха отрицательная, а снег выпадает круглый год. Число дней с метелями 15-20. Оттепели чрезвычайно редки. Сумма положительных температур колеблется от 178 до 443°, а в холодное лето от 55 до 170°. Часты обильные снегопады. В год выпадает от 800 до 1300 мм осадков. Продолжительность солнечного сияния составляет около 2000 часов в год.
На северном склоне центральной части Заилийского Алатау хорошо выражены высотные пояса: равнинно-предгорный степной, предгорно-среднегорный лесо-лугостепной (подразделяемый на предгорный лиственнолесной (1200- 1700 м ) и среднегорный хвойно-лесной (1500- 2800 м ), высокогорный лугостепной (разделяется на пояс субальпийских лугов и лугостепей (2500- 3100 м ), пояс альпийских лугов и лугостепей (3000- 3500 м ) и гляциально-нивальный.
Типичные ландшафты лиственно-лесного пояса - яблонево-абрикосовые и осиновые леса с хорошо развитым кустарниковым подлеском - встречаются главным образом в нижних частях всех основных ущелий и занимают небольшие площади: от 30 до 325 га . Здесь же по каменистым склонам западной и южной ориентации обычны редины из абрикоса. В долинах рек типичны топольники, обычно небольшие и березняки, а также заросли ивняка.
Хвойно-лесной пояс представлен еловыми лесами (свыше 2800 га ). Участки этих лесов, перемежающиеся высокотравными луговыми полянами, образуют своеобразную мозаику. Обычны прогалины с осыпями и выходами коренных горных пород. Хорошо инсолируемые участки заняты злаково-разнотравными степями и кустарниками. В местах бывших рубок ель замещена лиственными породами - горной ивой и рябиной. Широко распространены редины из ели, а в субальпийском поясе - заросли стелющейся арчи (свыше 2000 га ).
Горно-луговые и горно-степные ландшафты среднегорий и высокогорий занимают около 6400 га . Здесь также широко распространены осыпи, крупнообломочные россыпи и голые, лишенные всякой растительности крутые склоны. Общая площадь их составляет около 20 000 га , т. е. более четверти территории. Большую площадь заповедника занимают ландшафты гляциально-нивальной зоны - скалы (свыше 13 000 га ), вечные снега, фирновые поля и ледники (около 23 400 га ).
Почти вся территория заповедника труднодоступна, а Талгарский массив доступен только альпинистам. Дороги (пригодные для машин повышенной проходимости) протянулись вдоль границ заповедника в нижней части Левого Талгара на 6 км , Правого Талгара - на 8 км и Иссыка - на 7 км . Троп мало, они сильно разрушены и местами труднопроходимы.
В заповеднике часты сели, снежные лавины, камнепады, обвалы и оползни. Сели разрушают склоны, создают глубокие каньоны в местах срыва и нагромождения валунов внизу, подпруживают реки и резко повышают уровень воды в них после прорыва завалов. В июле 1979 г . сель уничтожил большую часть альпинистского лагеря "Талгар". Иногда возникают крупные сели, в несколько сот тысяч и даже миллионов кубометров. Такие мощные потоки приносят разрушения катастрофического характера. Так, 7 июля 1963 г . сель объемом около 3 млн м3 за четыре часа почти полностью завалил крупное оз. Иссык. Возникновение таких селей обычно связано с антропогенными нарушениями горных ландшафтов.
Опасны и снежные лавины. Они сходят ежегодно в марте - апреле. Иногда формируются лавины в сотни и тысячи кубометров, обладающие огромной разрушительной силой. Так же обычны в заповеднике обвалы и камнепады, особенно в нивальной зоне в верховьях рек Чилик, Иссык и всех ущелий участка Талгар.
Заповедник находится в зоне высокой сейсмической активности. Подземные толчки, особенно сильные, почти всегда влекут за собой катастрофические камнепады, обвалы, сели и другие стихийные бедствия.
Растительность
Заилийский Алатау в системе Северного Тянь-Шаня выделяется в особый орографический округ Заилийский. Здесь хорошо различаются по характеру растительности северные и южные склоны основных хребтов. Высокогорные платообразные вершины и внутренние межгорные долины также отличаются целым рядом геоботанических особенностей.
В пределах Заилийского округа выделяют несколько геоботанических районов, в том числе 3 района на северном склоне Заилийского Алатау - центральный, восточный и западный. Центральный район, в котором расположен заповедник, простирается от р. Большой Алматинки на западе до р. Тургень на востоке. Здесь хорошо развит лесо-луго-степной пояс, нижняя граница которого проходит примерно на высоте 1200- 1400 м , а верхняя - на 2600 -2700 м . Для нижней части этого пояса характерна полоса лиственных лесов из осины, яблони, абрикоса, боярышника, крушины, рябины, черемухи. Еловые леса из ели Шренка и связанные с ними высокотравные луга представлены здесь также наиболее полно. Характерно почти полное отсутствие лесонасаждений по южным склонам.
Флора заповедника включает 930 видов, относящихся к 406 родам из 77 семейств. На заповедной территории произрастают 13 видов деревьев, 63 - кустарников, 4 кустарничков, 3 полукустарничков, 3 - лиан, 79 - однолетних, 50 - двулетних и 712 видов многолетних растений.
Наиболее разнообразно представлены семейства астровых 143 вида, мятликовых 93, розоцветных - 76, бобовых - 66 и крестоцветных - 55 видов.
Эндемики заповедника: ирис Альберта, курчавка Мушкетова, остролодочник алматинский, пастернаковник ледниковый, кортуза Семенова, вероника алатауская, наголоватка алматинская, ястребинка кумбельская. Эндемики Северного Тянь-Шаня - 15 видов: мак тянь-шаньский, желтушник шафранный, боярышник алматинский, остролодочник талгарский, кузиния заилийская, одуванчик джунгарский, полынь заилийская, пион степной, тюльпан Островского и др. Во флоре заповедника встречаются 18 реликтов: ель Шренка, каркас кавказский, адонис золотистый, желтушник шафранный, яблоня Сиверса, земляника зеленая, абрикос обыкновенный, астрагал Шмальгаузена, пастернаковник ледниковый, соссюрея обвернутая и др.
К растениям, заслуживающим особого внимания и тщательной охраны, относятся и редкие среднеазиатские и палеарктические виды, южная граница ареала которых проходит по территории заповедника: береза бородавчатая, земляника лесная, володушка золотистая и др., а также горноцентральноазиатские, такие, как родиола розовая.
Пять видов растений заповедника занесены в Красную книгу мира: пастернаковник ледниковый, тюльпан Островского, иконниковия Кауфмана, курчавка Мушкетова, кауфмания Семенова, а 23 вида в Красную книгу Казахстана: тюльпаны Колпаковского и Островского, иридодиктиум Колпаковского, желтушник оранжевый, ревень Виттрока, адонис золотистый, кортуза Семенова, вероника алатавская и др.
Заповедник богат ценными видами растений, особенно кормовыми: вейник надземный, мятлик, ежа сборная, пырей ползучий, клевер ползучий и др. Много в заповеднике и лекарственных трав (53 вида): боярышник, живокость, валериана, пижма, земляника, чистотел и др., а обилие медоносов (более 40 видов) привлекает множество разнообразных насекомых.
В заповеднике имеются ядовитые растения - около 20 видов, из них наиболее известен аконит джунгарский. Он встречается в поясе еловых лесов, на крупнотравных лугах, по берегам речек. Интересно отметить, что аконит в молодом возрасте поедают дикие животные - медведь, марал и др. Ясенец узколистный в период цветения является украшением гор, но очень опасен для человека. Если потрогать это растение, можно получить долго не заживающие ожоги кожи. Большое число железистых клеток выделяет легколетучие эфирные масла, которые, испаряясь в жару, держатся в виде облачка над этим растением. Если в безветренный теплый вечер поднести к растению зажженную спичку, то вокруг него с легким треском вспыхнет голубоватое сияние из воспламенившихся паров эфирных масел. Отсюда второе его название неопалимая купина.
В лиственных лесах преобладает дикая яблоня, встречаются отдельные группы деревьев ели Шренка. Обычны клен Семенова, рябина тянь-шаньская, черемуха обыкновенная, яблони Сиверса и киргизская, абрикос обыкновенный, боярышники алтайский, джунгарский и алматинский, облепиха крушиновидная, осина, береза, ива и тополь. В состав подлеска входят барбарис разноножковый, 7 видов шиповника, смородина, бересклет, жимолость, малина, кизильник. Стволы деревьев увиты хмелем. Напочвенный покров, как правило, разнотравный и мощный, представлен сочевичником желтым, мятликом лесным, бузульником, василистником, снытью, аконитом, конским щавелем, кипреем и др.
На склонах южных экспозиций встречаются те же виды, кроме ели, а из кустарников преобладают шиповники и таволга. Эти склоны заняты в основном степными и луговыми формациями; преобладают тимофеевка, ковыль-волосатик, овсяницы, полыни, астрагалы, мятлик, зопник, иксиолирион татарский и др.
Еловые леса из ели Шренка и редины занимают около 5000 га в интервале высот 1400- 2800 м . Расположены они в основном на северных, реже на восточных и западных склонах различной крутизны. У нижней границы пояса ель образует смешанные насаждения с осиной, в средней части преобладают чистые ельники с незначительным подлеском из рябины, ивы, жимолости, кизильника и других лиственных кустарников. Близ верхней границы растет вперемежку с сибирской и ложноказачей арчой; на высоте около 2800 м растут лишь отдельные ели.
Для высокогорий аридной зоны наиболее характерны арчовники. Арча тюркское название древовидных и кустарниковых можжевельников, относящихся к семейству кипарисовых. Это долгожители: отдельные экземпляры достигают возраста более 3000 лет. Растение с мощной корневой системой, распространяющейся на десятки метров и хорошо предохраняющей склоны от водной эрозии. Древесина арчи мягкая с бальзамическим запахом, не поддается гниению. Воздух в арчовниках, особенно в солнечные дни, пропитан парами эфирных масел с резким характерным запахом и насыщен фитонцидами.
В заповеднике известно три вида можжевельника: сибирский, ложноказачий и казачий, которые поднимаются иногда до высоты 3300 м . Арчовники приурочены к еловым редколесьям, а выше 2500 м вообще сменяют ельники. В субальпийских лугостепях они образуют арчовые стланики.
На субальпийских лугах распространены разнотравно-гераниевые, осоково-разнотравные, манжетково-разнотравные и разнотравно-злаковые формации, относящиеся к лугам северного или бореального типа. В травостое лугов преобладают герани, алтайская и азиатская купальницы, незабудка душистая, кавказская и черноколосая осоки.
На склонах южной экспозиции травостой гуще, высота его 30- 35 см . Здесь встречаются и различные степные злаки - ковыли Регеля, восточный и кавказский, типчак Крылова и бороздчатый, овсяница Крыловская и др.
В поясе альпийских лугов представлены в основном криофильные альпийские кобрезиевые луга и альпийские лужайки. В травостое преобладают кобрезии. Встречаются василистник альпийский, осока кавказская, примула холодная, фиалки алтайская и тяньшанская, астра альпийская и горечавка холодная.
Альпийские лужайки характеризуются чрезвычайной пестротой растительного покрова, в котором преобладает низкорослое - до 20- 25 см - разнотравье и некоторые злаки. Встречаются они обычно выше кобрезиевых лугов, занимая перевальные седловины и пологие участки северных склонов.
В различных плоских понижениях, в долинах, где близки к поверхности грунтовые воды, встречаются высокогорные луга - сазы. Их образование связано с застаиванием в понижениях талых и атмосферных вод при наличии залегающих близко к поверхности кристаллических водоупоров. В травяном покрове саза значительную роль играют осоки: безжилковая, густоволосая, темно-бурая и др., мятлики луговой и болотный, одуванчик, кобрезии и т.д.
Периодически растительность заповедника нарушают стихийные бедствия - селевые потоки, снежные лавины и пожары. При прохождении крупных селей полностью смываются многие деревья, кустарники, травянистый покров, а также верхний слой почвы. Поток оставляет после себя в поймах рек остатки селевого субстрата. Породами-пионерами на селевых выносах р. Иссык служат ива, тополь, береза, мирикария, курчавка и др.
Животный мир
Фауна заповедника, как и всего Северного Тянь-Шаня, весьма своеобразна. Здесь преобладают центральноазиатские горные виды, в том числе эндемичные для отдельных хребтов или горных массивов. Обитают здесь и многие лесные и степные европейские и средиземноморские виды.
Так, для ельников характерна специфичная фауна с несколькими эндемичными видами и подвидами - такими, как тянь-шаньский королек, тянь-шаньская рыжая полевка, тянь-шаньская лесная мышовка и др. Из бореальных видов здесь распространены кедровка, клест-еловик, трехпалый дятел, ястребиная сова, рысь, марал, косуля и некоторые другие. Встречаются дикобраз, кабан, синяя птица и др.
Земноводные представлены всего одним видом - зеленой жабой. Она обычна на влажных облесенных склонах. Выше 2500 м почти не встречается.
Из пресмыкающихся обычны алайский гологлаз, Палласов щитомордник и узорчатый полоз, редки степная и обыкновенная гадюки, обыкновенный и водяной ужи. Алайский гологлаз повсеместно встречается в горах до высоты 3800 м , но наиболее часто - по каменистым днищам рек. На зиму впадает в спячку.
По предварительным данным, в заповеднике обитает около 200 видов птиц. В поясе лиственных лесов обычны иволга, дрозды деряба и черный, сплюшка, вяхирь, большая синица. В последние годы отмечается гнездование большого пестрого дятла.
Для еловых лесов характерны джунгарская гаичка, московка, индийская и зеленая пеночки, князек, седоголовая горихвостка, розовая чечевица, черногорлая завирушка, трехпалый дятел, лесной сыч, ястребиная сова, обыкновенная пустельга, еловый клест, большая горлица. Из куриных обычен тетерев. Весной тетерева токуют, как правило, на водоразделах хребтов и вершинах гор, примыкающих к лесу. На токах собираются обычно несколько петухов, иногда до 10- 15. Зимой основной корм тетерева - хвоя ели Шренка; весной и летом листья и семена трав, а также насекомые, осенью - семена ели, плоды и ягоды. В еловых лесах также постоянно держится кедровка.
В субальпийском поясе обычны стенолаз, расписная синица, арчовый дубонос, арчовая чечевица, горный конек. Для альпийского пояса характерны альпийская галка, клушица, альпийская завирушка, гималайский вьюрок, бородач, беркут, гималайский улар.
В зарослях кустарников и по руслам рек и ручьев держатся бурая и белобрюхая оляпки, бекас-отшельник, горная и маскированная трясогузки, варакушка, черный дрозд, синяя птица, крапивник.
На остепненных южных склонах гор многочисленны кеклики, в зарослях кустарников изредка встречаются семиреченские фазаны.
На территории заповедника встречаются 38 видов млекопитающих. Из насекомоядных в поясе елового леса многочисленны тянь-шаньская и малая бурозубки, здесь же изредка встречается светлобрюхая белозубка, а по руслам речек обитает водяная кутора.
Рукокрылые представлены четырьмя видами: ушастая ночница, обыкновенный ушан, поздний кожан, нетопырь-карлик.
Заяц-толай встречается в основном на южных склонах. На крупнокаменистых осыпях повсеместно обитает красная пищуха. Этот зверек на зиму заготавливает травы, побеги деревьев и кустарников, которые складывает в нишах под большими камнями. Такие сухие "стожки" достигают 5- 10 кг .
В лесах заповедника многочисленна лесная мышь. В каменистых осыпях встречаются горная серебристая и тянь-шаньская лесная полевки. В лиственные леса иногда заходят домовая и полевая мыши. На склонах южной экспозиции, по долинам рек, часто встречается обыкновенная слепушонка. Мышевидных грызунов в высокогорье меньше, чем в низкогорье и на равнине, при относительной стабильности общей численности зверьков по годам и сезонам.
На альпийских лугах встречается серый сурок. Большие поселения его отмечены в верховьях р. Левый Талгар.
Акклиматизированная с 1952 г . в Северном Тянь-Шане белка-телеутка стала в заповеднике обычной. Численность ее зависит в основном от урожаев семян ели Шренка. В неурожайные годы белка уже с осени начинает кормиться ее почками, откусывая концевые побеги.
Обычен в заповеднике тянь-шаньский бурый медведь, населяющий в основном еловые леса. Численность медведя в заповеднике довольно стабильна: 20- 25 голов. Снежный барс обитает в основном в альпийском поясе и только зимой вслед за горными козлами спускается в лесо-лугостепной пояс. В заповеднике постоянно держатся 2-3 семьи этого редкого хищника. В еловых лесах встречается туркестанская рысь (около 10 особей). Добычей ей служат косули, реже молодняк дикого кабана и горного козла.
С 1970 г . в заповеднике постоянно держатся 2-4 выводка волков. На зиму часть из них откочевывает вместе с домашним скотом, выпасаемым на территории охранной зоны. Следы лисицы встречаются повсеместно вплоть до альпийского пояса. Из куньих обычен горностай, особенно вблизи осыпей, где держится также каменная куница. В лиственных лесах обитает барсук.
В заповеднике обычен кабан, всего насчитывается примерно 60-80 особей. В лиственных лесах по рекам Правый и Левый Талгар свиньи имеют хорошую кормовую базу и надежные убежища. Косуля встречается до верхней границы леса, но наиболее многочисленна в лиственных лесах и на южных склонах, обильно заросших кустарником. Численность ее колеблется от 400 до 650 особей, заметно снижаясь после суровых и многоснежных зим.
Постепенно возрастает численность марала. В 1968-1972 гг. изредка встречались одиночные следы и сброшенные рога. Теперь в заповеднике, в основном в еловых лесах, ежедневно можно наблюдать группы пасущихся маралов до 10 голов. Всего здесь обитает около 120 оленей.
Самый многочисленный из копытных заповедника - сибирский горный козел. По данным ежегодных авиаучетов, в высокогорьях заповедника обитает 600- 700 козлов. Особенно крупные стада, до 100-150 голов, козлы образуют зимой.
